இந்தோனேசியர்களில் கிட்டத்தட்ட 90% பேர் முஸ்லிம்கள். இருப்பினும், புளோரஸ், திமோர் மற்றும் மொலுக்காஸ் போன்ற பகுதிகளில் கிறிஸ்தவ சமூகங்கள் உள்ளன, அவற்றில் பெரும்பாலானவை புராட்டஸ்டன்ட் அல்லது ரோமன் கத்தோலிக்க மதத்தைச் சேர்ந்தவை. நகரங்களில், பல சீனர்கள் கிறிஸ்தவர்களாக உள்ளனர், இருப்பினும் சிலர் புத்த மதம் அல்லது கன்பூசியனிசத்தைப் பின்பற்றுகிறார்கள்.
