Aproape 90% dintre indonezieni sunt musulmani. Cu toate acestea, există comunități creștine în zone precum Flores, Timor și Molucas, majoritatea fiind protestante sau romano-catolice. În orașe, mulți chinezi sunt creștini, deși unii urmează budismul sau confucianismul. Hindușii, mai puțin de 2% din populație, trăiesc în principal în Bali și Lombok.
