Peaaegu 90% indoneeslastest on moslemid. Siiski on kristlikud kogukonnad olemas sellistes piirkondades nagu Flores, Timor ja Molukki saared, kusjuures enamik neist on protestantlikud või roomakatoliiklased. Linnades on paljud hiinlased kristlased, kuigi mõned järgivad budismi või konfutsianismi. Hindud, alla 2% elanikkonnast, elavad peamiselt Balil ja Lombokil.
