Az indonéziaiak közel 90%-a muzulmán. Ugyanakkor olyan területeken, mint Flores, Timor és a Molukkák, léteznek keresztény közösségek, amelyek többsége protestáns vagy római katolikus. A városokban sok kínai keresztény, bár néhányan a buddhizmust vagy a konfucianizmust követik. A hinduk, a lakosság kevesebb mint 2%-a, főként Balin és Lombokon él.
