Næstum 90% Indónesíubúa eru múslimar. Hins vegar eru kristin samfélög til á svæðum eins og Flores, Tímor og Mólúkka, þar sem flestir eru mótmælendur eða rómversk-kaþólskir. Í borgum eru margir Kínverjar kristnir, þó að sumir fylgi búddisma eða konfúsíanisma. Hindúar, innan við 2% þjóðarinnar, eru aðallega á Balí og Lombok.
