Quasi il 90% degli indonesiani è musulmano. Tuttavia, esistono comunità cristiane in aree come Flores, Timor e le Molucche, la maggior parte delle quali sono protestanti o cattoliche. Nelle città, molti cinesi sono cristiani, anche se alcuni seguono il buddismo o il confucianesimo. Gli induisti, meno del 2% della popolazione, si trovano soprattutto a Bali e Lombok.
