Близо 90% от индонезийците са мюсюлмани. Въпреки това в райони като Флорес, Тимор и Молукадите има християнски общности, като повечето от тях са протестанти или римокатолици. В градовете много китайци са християни, макар че някои от тях следват будизма или конфуцианството. Индуистите, които са по-малко от 2 % от населението, са главно в Бали и Ломбок.
