Почти 90 % индонезийцев - мусульмане. Однако в таких районах, как Флорес, Тимор и Молуккские острова, существуют христианские общины, в большинстве своем протестантские или римско-католические. В городах многие китайцы исповедуют христианство, хотя некоторые придерживаются буддизма или конфуцианства. Индусы, составляющие менее 2 % населения, проживают в основном на Бали и Ломбоке.