Beveik 90 % indoneziečių yra musulmonai. Tačiau tokiose vietovėse kaip Floresas, Timoras ir Molukų salos yra krikščionių bendruomenių, kurių dauguma yra protestantai arba Romos katalikai. Miestuose daug kinų yra krikščionys, nors kai kurie išpažįsta budizmą arba konfucianizmą. Hinduistai, sudarantys mažiau nei 2 % gyventojų, daugiausia gyvena Balyje ir Lomboke.
