Næsten 90 % af indoneserne er muslimer. Der findes dog kristne samfund i områder som Flores, Timor og Molukkerne, hvor de fleste er protestanter eller romersk-katolske. I byerne er mange kinesere kristne, selv om nogle følger buddhismen eller konfucianismen. Hinduer, mindre end 2 % af befolkningen, findes hovedsageligt på Bali og Lombok.
