Gotovo 90% Indonežana su muslimani. Međutim, kršćanske zajednice postoje u područjima poput Floresa, Timora i Molučkih ostrva, a većina njih su protestanti ili rimokatolici. U gradovima su mnogi Kinezi kršćani, iako neki slijede budizam ili konfucijanizam. Hindusi, manje od 2% stanovništva, uglavnom su na Baliju i Lomboku.
