Скоро 90% Индонежана су муслимани. Међутим, хришћанске заједнице постоје у областима попут Флореса, Тимора и Молучких острва, а већина су протестанти или римокатолици. У градовима, многи Кинези су хришћани, мада неки следе будизам или конфучијанизам. Хиндуси, мање од 2% становништва, углавном су на Балију и Ломбоку.
