כמעט 90% מהאינדונזים הם מוסלמים. עם זאת, קהילות נוצריות קיימות באזורים כמו פלורס, טימור והמולוקה, כאשר רובן פרוטסטנטיות או רומיות קתוליות. בערים, סינים רבים הם נוצרים, אם כי חלקם עוקבים אחר בודהיזם או קונפוציאניזם. הינדים, פחות מ-2% מהאוכלוסייה, נמצאים בעיקר בבאלי ולומבוק.
