Hampir 90% rakyat Indonesia beragama Islam. Walau bagaimanapun, komuniti Kristian wujud di kawasan seperti Flores, Timor, dan Maluku, dengan kebanyakannya adalah Protestan atau Roman Katolik. Di bandar, ramai orang Cina beragama Kristian, walaupun ada yang menganut agama Buddha atau Konfusianisme. Hindu, kurang daripada 2% daripada populasi, kebanyakannya di Bali dan Lombok.
