ইন্দোনেশিয়ার প্রায় ৯০% মানুষ মুসলিম। তবে, ফ্লোরেস, তিমুর এবং মোলুক্কাসের মতো অঞ্চলে খ্রিস্টান সম্প্রদায় বিদ্যমান, যাদের বেশিরভাগই প্রোটেস্ট্যান্ট বা রোমান ক্যাথলিক। শহরগুলিতে, অনেক চীনা খ্রিস্টান, যদিও কেউ কেউ বৌদ্ধ বা কনফুসিয়ানিজম অনুসরণ করে। জনসংখ্যার ২% এরও কম হিন্দু, মূলত বালি এবং লম্বকে বাস করে।
