Bijna 90% van de Indonesiërs is moslim. Er zijn echter christelijke gemeenschappen in gebieden als Flores, Timor en de Molukken, waarvan de meesten protestants of rooms-katholiek zijn. In de steden zijn veel Chinezen christen, hoewel sommigen het boeddhisme of confucianisme aanhangen. Hindoes, minder dan 2% van de bevolking, wonen vooral op Bali en Lombok.
