ഇന്തോനേഷ്യക്കാരിൽ ഏകദേശം 90% പേരും മുസ്ലീങ്ങളാണ്. എന്നിരുന്നാലും, ഫ്ലോറസ്, ടിമോർ, മൊളൂക്കാസ് തുടങ്ങിയ പ്രദേശങ്ങളിൽ ക്രിസ്ത്യൻ സമൂഹങ്ങൾ നിലനിൽക്കുന്നു, അവരിൽ ഭൂരിഭാഗവും പ്രൊട്ടസ്റ്റന്റ് അല്ലെങ്കിൽ റോമൻ കത്തോലിക്കരാണ്. നഗരങ്ങളിൽ, പല ചൈനക്കാരും ക്രിസ്ത്യാനികളാണ്, ചിലർ ബുദ്ധമതമോ കൺഫ്യൂഷ്യനിസമോ പിന്തുടരുന്നുണ്ടെങ്കിലും.
