Nästan 90% av indonesierna är muslimer. Det finns dock kristna samfund i områden som Flores, Timor och Moluckerna, där de flesta är protestanter eller romersk-katolska. I städerna är många kineser kristna, även om en del följer buddhismen eller konfucianismen. Hindus, som utgör mindre än 2% av befolkningen, finns främst på Bali och Lombok.
