Prawie 90% Indonezyjczyków to muzułmanie. Społeczności chrześcijańskie istnieją jednak na obszarach takich jak Flores, Timor i Moluki, a większość z nich to protestanci lub katolicy. W miastach wielu Chińczyków jest chrześcijanami, choć niektórzy wyznają buddyzm lub konfucjanizm. Hinduiści, mniej niż 2% populacji, zamieszkują głównie Bali i Lombok.
