Casi el 90% de los indonesios son musulmanes. Sin embargo, existen comunidades cristianas en zonas como Flores, Timor y las Molucas, la mayoría protestantes o católicas. En las ciudades, muchos chinos son cristianos, aunque algunos siguen el budismo o el confucianismo. Los hindúes, menos del 2% de la población, se encuentran principalmente en Bali y Lombok.
