نزدیک به 90 درصد مردم اندونزی مسلمان هستند. با این حال، جوامع مسیحی در مناطقی مانند فلورس، تیمور و مولوکاس وجود دارند که اکثر آنها پروتستان یا کاتولیک رومی هستند. در شهرها، بسیاری از چینی ها مسیحی هستند، اگرچه برخی پیرو آیین بودا یا کنفوسیوس هستند. هندوها، کمتر از 2 درصد از جمعیت، عمدتاً در بالی و لومبوک هستند.
