Téměř 90 % Indonésanů jsou muslimové. V oblastech jako Flores, Timor a Moluky však existují křesťanské komunity, většinou protestantské nebo římskokatolické. Ve městech je mnoho Číňanů křesťany, někteří však vyznávají buddhismus nebo konfucianismus. Hinduisté, kteří tvoří méně než 2 % obyvatelstva, žijí hlavně na Bali a Lomboku.
