Takmer 90 % Indonézanov sú moslimovia. Kresťanské komunity však existujú v oblastiach ako Flores, Timor a Moluky, pričom väčšina z nich je protestantská alebo rímskokatolícka. V mestách je mnoho Číňanov kresťanmi, hoci niektorí vyznávajú budhizmus alebo konfucianizmus. Hinduisti, menej ako 2 % obyvateľstva, žijú najmä na Bali a Lomboku.
