Gần 90% người Indonesia theo đạo Hồi. Tuy nhiên, các cộng đồng Cơ đốc giáo tồn tại ở các khu vực như Flores, Timor và Moluccas, với hầu hết là người theo đạo Tin lành hoặc Công giáo La Mã. Ở các thành phố, nhiều người Trung Quốc theo đạo Cơ đốc, mặc dù một số theo đạo Phật hoặc Nho giáo. Người theo đạo Hindu, ít hơn 2% dân số, chủ yếu ở Bali và Lombok.
