Индонезиялықтардың 90%-ға жуығы мұсылмандар. Алайда христиан қауымдары Флорес, Тимор және Молукка сияқты аймақтарда бар, олардың көпшілігі протестанттық немесе римдік-католиктік. Қалаларда көптеген қытайлықтар христиан дінін ұстанады, бірақ кейбіреулері буддизмді немесе конфуцийшілдікті ұстанады. Индустар, халықтың 2% -дан азы, негізінен Бали мен Ломбокта.
