Cerca de 90% dos indonésios são muçulmanos. No entanto, existem comunidades cristãs em áreas como Flores, Timor e as Molucas, sendo a maioria protestante ou católica romana. Nas cidades, muitos chineses são cristãos, embora alguns sigam o budismo ou o confucionismo. Os hindus, menos de 2% da população, encontram-se sobretudo em Bali e Lombok.
