Майже 90% індонезійців - мусульмани. Однак християнські громади існують у таких регіонах, як Флорес, Тимор і Молуккські острови, причому більшість з них є протестантськими або римо-католицькими. У містах багато китайців є християнами, хоча деякі з них сповідують буддизм або конфуціанство. Індуїсти, що становлять менше 2% населення, проживають переважно на Балі та Ломбоку.
