Σχεδόν το 90% των Ινδονήσιων είναι μουσουλμάνοι. Ωστόσο, χριστιανικές κοινότητες υπάρχουν σε περιοχές όπως η Φλόρες, το Τιμόρ και οι Μολούκες, με τις περισσότερες να είναι προτεσταντικές ή ρωμαιοκαθολικές. Στις πόλεις, πολλοί Κινέζοι είναι χριστιανοί, αν και ορισμένοι ακολουθούν τον Βουδισμό ή τον Κομφουκιανισμό.
