ما يقرب من 90% من الإندونيسيين مسلمون. ومع ذلك، توجد جاليات مسيحية في مناطق مثل فلوريس وتيمور وجزر الملوك ومعظمهم من البروتستانت أو الروم الكاثوليك. وفي المدن، يدين الكثير من الصينيين بالمسيحية، على الرغم من أن بعضهم يتبع البوذية أو الكونفوشيوسية. أما الهندوس، الذين يشكلون أقل من 2% من السكان، فيتواجدون بشكل رئيسي في بالي ولومبوك.
