Halos 90% ng mga Indonesian ay Muslim. Gayunpaman, umiiral ang mga pamayanang Kristiyano sa mga lugar tulad ng Flores, Timor, at Moluccas, na karamihan ay Protestante o Romano Katoliko. Sa mga lungsod, maraming Tsino ang Kristiyano, kahit na ang ilan ay sumusunod sa Budismo o Confucianism. Ang mga Hindu, mas mababa sa 2% ng populasyon, ay pangunahin sa Bali at Lombok.
